保护研究部

保护研究所 敦煌石窟监测中心 文物数字化研究所

人文研究部

考古研究所 敦煌文献研究所 编辑部 敦煌学信息中心

艺术研究部

美术研究所 敦煌石窟文物保护研究陈列中心

文化弘扬部

融媒体中心 文化创意研究中心 档案馆

办公室

人力资源处

科研管理处

计划财务处

审计处

保卫处

总务处

国际合作与交流处（港澳台处）

兰州院部综合管理办公室

纪检室

工会委员会

麦积山石窟艺术研究所

炳灵寺文物保护研究所

榆林窟文物保护研究所

北石窟寺文物保护研究所

西千佛洞文物保护研究所

敦煌莫高窟旅游服务公司

甘肃恒真数字文化科技有限公司

敦煌研究院文物保护技术服务中心

敦煌艺术公司

甘肃莫高窟文化遗产保护设计咨询有限公司

甘肃鸿文敦煌艺术研修中心

甘肃敦煌博古文化有限公司