敦煌研究院是负责管理世界文化遗产敦煌莫高窟、天水麦积山石窟、永靖炳灵寺石窟，全国重点文物保护单位瓜州榆林窟、敦煌西千佛洞、庆阳北石窟寺的综合性研究型事业单位。

敦煌研究院前身是1944年成立的国立敦煌艺术研究所，1950年更名为敦煌文物研究所，1984年扩建为敦煌研究院，2016年省政府决定将麦积山石窟、炳灵寺石窟、北石窟寺整建制划归敦煌研究院管理，形成了“一院六地”的管理和运行格局。

敦煌研究院依照党和国家的方针政策，在中央有关部委和甘肃省委、省政府以及各级政府部门的长期关怀支持下，始终坚持“保护、研究、弘扬”的工作方针，以常书鸿、段文杰、樊锦诗为代表的一代代莫高窟人攻坚克难，锐意进取，逐步形成了“坚守大漠、甘于奉献、勇于担当、开拓进取”的“莫高精神”，以及基于价值完整性的平衡发展质量管理模式，在敦煌文化遗产保护、研究、弘扬方面取得了一定的成绩。已发展成为我国拥有世界文化遗产数量最多、跨区域范围最广的文博管理机构，是国家一级博物馆和最大的敦煌学研究实体，也是中国—吉尔吉斯斯坦文化遗产保护“一带一路”联合实验室、国家古代壁画与土遗址保护工程技术研究中心、国家文化和科技融合示范基地、丝绸之路文化遗产保护国际科技合作基地、国家引才引智示范基地、国家级专业技术人员继续教育基地、古代壁画保护国家文物局重点科研基地、国家文物局文博人才培训基地、甘肃省敦煌文物保护研究中心、甘肃省哲学社会科学重点实验室——敦煌研究院敦煌学研究高地建设数智实验室的依托单位。

敦煌研究院被联合国教科文组织授予“杰出贡献奖”，文物保护团队被中共中央、国务院授予“国家卓越工程师团队”称号，文物保护利用群体被中宣部授予“时代楷模”称号。